簡(jiǎn)要描述:riboPOOL核糖體rRNA去除探針-植物通用型(被子植物)riboPOOLs核糖體RNAs(rRNA)約占RNA-Seq數(shù)據(jù)讀取量的90%,去除后可大大節(jié)省RNA-seq的測(cè)序成本。riboPOOL可以高效和特異性地去除rRNAs,適合大多種模式和非模式物種或RNA序列。
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riboPOOL核糖體rRNA去除探針-植物通用型(被子植物)riboPOOLs(被子植物353探針)
riboPOOL 靈活高效的去除核糖體RNA
核糖體RNAs(rRNA)約占RNA-Seq數(shù)據(jù)讀取量的90%,去除后可大大節(jié)省RNA-seq的測(cè)序成本。riboPOOL可以高效和特異性地去除rRNAs,適合大多種模式和非模式物種或RNA序列。
riboPOOL 的主要優(yōu)勢(shì)
(1)種類豐富:豐富的成品型目錄可供選擇,目錄持續(xù)更新中;目錄以外物種或RNA可以定制
(2)工作流程快:一步法,完整工作流程僅用時(shí)70min
(3)起始量范圍廣泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之間都有很好的去除效率
(4)針對(duì)特殊應(yīng)用定向優(yōu)化:ibosome profiling樣本;環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)(如土壤、污泥)
(5)高效的去除:去除效率高,結(jié)果穩(wěn)定可重復(fù)
(6)搭配靈活:兼容各種RNA純化和RNA建庫方法
(7)探針法:沒有酶切偏好,可以均一的覆蓋轉(zhuǎn)錄本;無打斷樣本風(fēng)險(xiǎn);適用于無polyA結(jié)構(gòu)的RNA(如snoRNA,LncRNA, 組蛋白)
(8)兼容多種下游分析方法:如RNA-Seq、微陣列分析和實(shí)時(shí)定量PCR等
可混合使用:客戶可根據(jù)樣本的組成比例,混合使用2-4種riboPOOL,如病原體感染的人體組織(人源+原核通用型)、人血液樣本(人源+人血珠蛋白)、植物微生物群研究(植物通用型+原核通用型)
目錄 成品型 riboPOOL
riboPOOL 工作流程
riboPOOL 有效起始量范圍(100ng-5ug)
riboPOOL 可混合使用(復(fù)合型)
測(cè)試樣本為(a)SW48 細(xì)胞 (人源), NIH3T3細(xì)胞 (小鼠)和DH10B株大腸桿菌RNA混合物。 實(shí)驗(yàn)比較(b)單獨(dú)使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和(c)使用復(fù)合型riboPOOL(由1:1:1的人源、鼠 源、原核通用型riboPOOL混合構(gòu)成),兩者均可有效去除1μg RNA混合樣本中的rRNA. rRNA的去除效率用生物分析儀,或rtqPCR分析評(píng)估(用rRNA或GAPDH(管家基因)特異性的引物進(jìn)行實(shí)時(shí)定 量PCR )。
人源/小鼠/大鼠riboPOOLs
可去除細(xì)胞質(zhì)rRNA (28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA)&線粒體rRNA
高質(zhì)量RNA(RIN >7),rRNA去除效率可達(dá)97%-98%
降解RNA/FFPE(RIN<7),rRNA去除效率可達(dá)87%-98%
Ribo-Seq(30nt片段),優(yōu)化不易去除區(qū)域探針密度,rRNA去除效率約75%
*不同實(shí)驗(yàn)方案間有一定差異
riboPOOL的rRNA去除效率高約10%
兩種試劑的可重復(fù)性相當(dāng)
原核通用型(細(xì)菌/古生菌)
覆蓋廣泛的原核生物(細(xì)菌/古生菌),適合微生物培養(yǎng)物、宏基因組、微生物組群分析
去除目標(biāo)涵蓋 5S, 16S and 23S rRNA
原核通用型 riboPOOL設(shè)計(jì)依據(jù)
基于76個(gè)代表性物種的rRNAs 序列設(shè) 計(jì)的微生物通用型 riboPOOL,適合圖 中所示的類群(內(nèi)圈,粗體)和亞群(外圈) 所涵蓋的細(xì)菌和古細(xì)菌。
*如果您感興趣的物種不屬于這些類群或亞群,請(qǐng)咨詢我們的定制型riboPOOLs產(chǎn)品。
**譯注:暫無中文譯名
原核通用型 riboPOOL已驗(yàn)證物種(RNA-Seq )
測(cè)試結(jié)果來自不同的實(shí)驗(yàn)室,rRNA去除效率從~50-98%不等,在大多數(shù)物種中rRNA去除效率>70% 。去除效率可能因樣品類型和實(shí)驗(yàn)條件的不同而不同。 高質(zhì)量的RNA樣本中效率高。推薦的起始RNA投放量為100 ng-5 μg。
植物通用型(被子植物)
可去除細(xì)胞質(zhì)(28S, 18S, 5.8S & 5S) 、質(zhì)體和線粒體 rRNA
廣泛覆蓋開花植物
適合葉片、種子和根等各種組織部位
植物通用型 riboPOOL 可以覆蓋開花植物的主要門類
包括30 多個(gè)目(見下圖) 常見物種,如下:
水稻 · 麻瘋樹 · 大豆·土豆 · 棉花 · 咖啡·胡蘿卜 · 洋薊 · 橄欖·擬南芥 · 玉米 · 翠菊·小麥 · 蘋果 · 橙子·蕎麥 · 及其他
*如果您感興趣的物種不屬于這些門類, 請(qǐng)咨詢我們的定制型 riboPOOL產(chǎn)品
植物通用型 riboPOOL的β測(cè)試結(jié)果
開花植物的去除效率大于91% 值得注意的是,在原始藻類綠藻中rRNA去除效率為80%,表明植物通用型riboPOOL可以應(yīng)用于被 子植物以外的植物門類。
riboPOOL核糖體rRNA去除探針-植物通用型(被子植物)riboPOOLs 產(chǎn)品屬性
• 提供兩種產(chǎn)品形式,一種是探針型,另一種是完整試劑盒,兩種形式均提供試驗(yàn)方案。
• 產(chǎn)品以凍干形式室溫運(yùn)輸。
• 復(fù)溶后,在-20℃或以下的溫度,可穩(wěn)定保存12個(gè)月。建議分裝儲(chǔ)存,避免多次凍融。
訂購(gòu)信息
請(qǐng)說明訂購(gòu)的物種名稱(見目錄 成品型),產(chǎn)品種類(探針/試劑盒/定制型),產(chǎn)品規(guī)格
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